漢字やアルファベットを含む商標を出願する際に、希望する商標の読み方（称呼）を記載することはできますか。

できます。出願書類の【商標登録出願人】の欄の記載事項の次に、【その他】の欄を設け、「本願商標は「〇〇（カタカナで読み方を記載）」と読みます。」というように記載してください。
ただし、希望する商標の読み方が付与されるか否かは、審査官の判断によるものです。出願された商標とかけ離れた読み方については、希望しても付与されない場合があります。