設定登録時に自動的に支払いを行う方法がありますか。

包括納付制度があります。
包括納付制度では、設定登録時に支払う登録料のみが対象ですのでご注意ください。
詳しくは、設定登録料金の包括納付制度について（特許庁）をご覧ください。