設定登録時に自動的に支払いをおこなう方法がありますか。

包括納付制度があります。
包括納付制度では、設定登録時に支払う登録料のみが対象ですのでご注意ください。
詳しくは「特許料等の包括納付制度について」（特許庁）をご覧ください。